在这期间，四川建科院开始实行院长负责制，科研事业费逐年削减，于1992年削减到位，从完全靠政府财政拨款运转的科研单位，逐步走向差额预算和市场运作。这在科研管理理念、科研人员思想和价值观念上均是一次大的转折。

1989年四川建科院召开第三届职工代表、第四届会员代表大会

1987年12月，四川建科院名称由“四川省建筑科学研究所”更名为“四川省建筑科学研究院”。机构局部有所调整，将机修车间独立运行，新组建村镇建设研究室，成立了设计部对外承接设计任务，并成功孵化成立了多家高科技含量的专业子公司，包括：1985年同省建三公司、香港集林公司联合成立了中外合资的四川装饰工程有限公司；1991年，在工艺张拉室张拉队的基础上正式组建了四川省第一家从事预应力技术的专业化公司——四川省预应力特种技术工程公司；在原装饰二工区的基础上组建了四川省建筑新技术工程公司；还组建了四川建设工程监理公司，取得四川建设工程监理企业01号资质；三个公司均先后由四川省科委批准为科技型企业。

特别值得一提的是，四川建科院研究的预应力混凝土小构件、混凝土空心小砌块农房体系，于1986年列入了国家科委和建设部的“四川省德阳市新园村建设综合示范点”全国村镇建设星火计划，通过规划建村，总结经验，为我国量大面广的农村建房起到了示范作用。研究荣获1986年度四川省科学技术进步二等奖，成果纳入国家科技成果，四川建科院也因此被授予1989年度四川省星火示范企业奖三等奖。

这一时期，四川建科院在砌体结构、古建筑木结构及木材物理力学等领域编制多项国家标准，为国家的现代化建设奠定了坚实的基础。

在砌体结构标准化领域，主编了国家标准《砌体基本力学性能试验方法标准》（GBJ 129-1990），系统地规范了砌体基本力学性能的测试流程与方法，为评估砌体工程的施工质量提供了科学、统一的技术依据，极大地促进了砌体结构设计与施工质量的全面提升。

在古建筑木结构方面，主编了国家标准《古建筑木结构维护与加固技术规范》（GB 50165-92），为古建筑木结构的维护与加固提供了详尽的技术指导，有效促进了古建筑木结构的科学保护与合理利用，为传承和弘扬中华优秀传统文化做出了积极贡献。