1965年4月,建筑工程部从北京建筑科学研究院(即今“中国建筑科学研究院有限公司”)抽调100余人及一批试验仪器设备融入四川建科院,以加强对三线建设中科学技术问题的研究。因任务有所增加,单位名称由“西南建筑科学研究所”改名为“西南建筑综合研究所”,为建筑工程部直属事业单位,由建筑工程部西南工程管理局代建筑工程部管理,科研业务由建筑工程部科学技术局归口管理。
不久,“文化大革命”开始,三线建设受阻,建筑系统领导机构多次变动,四川建科院名称亦随之变更多次,如“建一局建筑科学研究所”“四川省建筑工程局建筑科学研究所”“国家基本建设革命委员会西南建筑科学研究所”等,研究机构的设置也有一定的改变,但人员数量无太大变化。1976年2月,单位复名“四川省建筑科学研究所”。